Maya をカスタマイズすると、新しい設定はユーザのプリファレンス ファイルに保存されます。したがって、Maya を起動するたびに、Maya のデフォルト設定の代わりにユーザの設定が使用されます。プリファレンス ファイルを削除すると、Maya の起動時にデフォルト設定が使用されます。
Maya のプリファレンスを保存すると、Maya ウィンドウのカラー、ホットキー、ホットボックス マーキング メニュー、サイズ、位置にそれぞれ行った変更、ならびに Maya プリファレンス（Preferences）ウィンドウで定義された項目に行った変更が保存されます。
Maya はプリファレンス ファイルを次のパスに格納しています。（Linux を除くプラットフォームで日本語環境で起動の場合は「en_US」ディレクトリが「ja_JP」になります。）
\Documents and Settings\<username>\My Documents\maya\ 2009\en_US\prefs
\Documents and Settings\<username>\My Documents\maya\2009-x64\en_US\prefs
\Users\<username>\Documents\maya\2009\en_US\prefs
\Users\<username>\Documents\maya\2009-x64\en_US\prefs
プリファレンスおよびその他の重要な Maya フォルダ（プロジェクトなど）の場所を、環境変数を使用して変更することができます。詳細については、『環境変数』マニュアルの ファイルパス変数を参照してください。
ほとんどのプリファレンスは MEL コマンドのテキスト ファイルとして保存されています。
Maya プリファレンス（Preferences）ウィンドウのオプションに関する詳細については、 プリファレンス（Preferences）の概要を参照してください。
